Was this page helpful?

FGENESH monocot

    Table of contents
    No headers

     

    FGENESH 2.6 Prediction of potential genes in Monocot genomic DNA
     Time    :   Fri Oct 10 09:56:52 2008
     Seq name: scaffold_89  [ Using bases 535000 to 660000 ] 
     Length of sequence: 125001 
     Number of predicted genes 31: in +chain 14, in -chain 17.
     Number of predicted exons 237: in +chain 104, in -chain 133.
     Positions of predicted genes and exons: Variant   1 from   1, Score:2607.267969 
       G Str   Feature   Start        End    Score           ORF           Len
    
       1 -      PolA       396                0.44
       1 -    1 CDSl       553 -       696    0.84       553 -       696    144
       1 -    2 CDSi      1060 -      1098    6.67      1060 -      1098     39
       1 -    3 CDSi      1285 -      1333    4.55      1285 -      1332     48
       1 -    4 CDSi      1670 -      1749    5.02      1672 -      1749     78
       1 -    5 CDSi      2053 -      2114    3.86      2053 -      2112     60
       1 -    6 CDSi      2742 -      2841   -0.05      2743 -      2841     99
       1 -    7 CDSi      2998 -      3109    4.71      2998 -      3108    111
       1 -    8 CDSi      3171 -      3283   -1.78      3173 -      3283    111
       1 -    9 CDSi      4060 -      4340   16.32      4060 -      4338    279
       1 -   10 CDSi      4418 -      4513    7.74      4419 -      4511     93
       1 -   11 CDSi      4565 -      4641    6.00      4566 -      4640     75
       1 -   12 CDSi      4703 -      4743    8.89      4705 -      4743     39
       1 -   13 CDSi      4851 -      4994    5.92      4851 -      4994    144
       1 -   14 CDSi      5049 -      5159   14.54      5049 -      5159    111
       1 -   15 CDSi      5708 -      5818    5.06      5708 -      5818    111
       1 -   16 CDSf      5892 -      6062    4.94      5892 -      6062    171
       1 -      TSS       6262              -10.18
    
       2 +      TSS       6452               -8.48
       2 +    1 CDSf      6585 -      6754   -3.11      6585 -      6752    168
       2 +    2 CDSi      6899 -      6950   14.03      6900 -      6950     51
       2 +    3 CDSi      7524 -      7572   -3.49      7524 -      7571     48
       2 +    4 CDSi      7745 -      7798    0.86      7747 -      7797     51
       2 +    5 CDSl      7956 -     10297  111.23      7958 -     10297   2340
       2 +      PolA     10659                0.44
    
       3 +      TSS      11130               -8.38
       3 +    1 CDSf     12385 -     12533    4.08     12385 -     12531    147
       3 +    2 CDSi     12589 -     12949   27.53     12590 -     12949    360
       3 +    3 CDSi     13007 -     13154    4.78     13007 -     13153    147
       3 +    4 CDSi     13370 -     13478    9.64     13372 -     13476    105
       3 +    5 CDSi     13747 -     13783   -2.14     13748 -     13783     36
       3 +    6 CDSl     13931 -     15049   49.52     13931 -     15049   1119
       3 +      PolA     15173               -2.36
    
       4 -      PolA     15360               -2.36
       4 -    1 CDSl     15376 -     15711    9.49     15376 -     15711    336
       4 -    2 CDSi     15992 -     16020    2.80     15992 -     16018     27
       4 -    3 CDSi     16095 -     16133   10.65     16096 -     16131     36
       4 -    4 CDSi     17602 -     17844    2.09     17603 -     17842    240
       4 -    5 CDSi     18345 -     18631    9.94     18346 -     18630    285
       4 -    6 CDSi     18876 -     19033    9.50     18878 -     19033    156
       4 -    7 CDSi     19107 -     19311   21.85     19107 -     19310    204
       4 -    8 CDSi     19691 -     19788    5.87     19693 -     19788     96
       4 -    9 CDSi     20059 -     20224    0.63     20059 -     20223    165
       4 -   10 CDSi     20291 -     20379   13.04     20293 -     20379     87
       4 -   11 CDSi     20450 -     20517    9.82     20450 -     20515     66
       4 -   12 CDSf     20763 -     21216   17.78     20764 -     21216    453
       4 -      TSS      22086               -6.08
    
       5 -      PolA     23656               -2.36
       5 -    1 CDSl     24193 -     24294    8.40     24193 -     24294    102
       5 -    2 CDSi     24346 -     24444    9.14     24346 -     24444     99
       5 -    3 CDSi     24507 -     24551    2.59     24507 -     24551     45
       5 -    4 CDSi     24601 -     24726   13.66     24601 -     24726    126
       5 -    5 CDSi     24783 -     24893    9.15     24783 -     24893    111
       5 -    6 CDSi     24936 -     25140   10.98     24936 -     25139    204
       5 -    7 CDSi     25194 -     25301   10.14     25196 -     25300    105
       5 -    8 CDSi     25364 -     25538    6.50     25366 -     25536    171
       5 -    9 CDSi     25593 -     25910   19.25     25594 -     25908    315
       5 -   10 CDSi     25965 -     26016   -0.09     25966 -     26016     51
       5 -   11 CDSi     26233 -     26349   10.92     26233 -     26349    117
       5 -   12 CDSi     26653 -     27032   17.76     26653 -     27030    378
       5 -   13 CDSi     27083 -     27210    4.07     27084 -     27209    126
       5 -   14 CDSi     27266 -     27606   18.47     27268 -     27606    339
       5 -   15 CDSf     27657 -     27725    2.47     27657 -     27725     69
       5 -      TSS      27736               -8.48
    
       6 +      TSS      27925               -9.48
       6 +    1 CDSf     27987 -     28286   13.27     27987 -     28286    300
       6 +    2 CDSi     28355 -     28483   11.74     28355 -     28483    129
       6 +    3 CDSi     28539 -     28595   10.40     28539 -     28595     57
       6 +    4 CDSi     28793 -     28998   25.07     28793 -     28996    204
       6 +    5 CDSi     29067 -     29161    8.05     29068 -     29160     93
       6 +    6 CDSi     29213 -     29418   -0.86     29215 -     29418    204
       6 +    7 CDSi     29473 -     29665   18.72     29473 -     29664    192
       6 +    8 CDSl     29715 -     29854    4.75     29717 -     29854    138
       6 +      PolA     29919               -4.66
    
       7 -      PolA     29932               -7.16
       7 -    1 CDSl     29967 -     30066    2.76     29967 -     30065     99
       7 -    2 CDSi     30129 -     30275    6.29     30131 -     30274    144
       7 -    3 CDSi     30341 -     30630    3.94     30343 -     30630    288
       7 -    4 CDSi     31318 -     31551   12.02     31318 -     31551    234
       7 -    5 CDSi     31595 -     31736    4.02     31595 -     31735    141
       7 -    6 CDSi     31794 -     31919    4.25     31796 -     31918    123
       7 -    7 CDSi     31976 -     32070    7.83     31978 -     32070     93
       7 -    8 CDSi     32126 -     32211    2.79     32126 -     32209     84
       7 -    9 CDSi     32275 -     32358    4.74     32276 -     32356     81
       7 -   10 CDSf     32412 -     32538   11.24     32413 -     32538    126
       7 -      TSS      32815               -9.88
    
       8 -      PolA     34693               -1.06
       8 -    1 CDSl     34870 -     34956   -0.20     34870 -     34956     87
       8 -    2 CDSi     35833 -     35931    7.89     35833 -     35931     99
       8 -    3 CDSi     35979 -     36104    5.13     35979 -     36104    126
       8 -    4 CDSi     36166 -     36247    3.50     36166 -     36246     81
       8 -    5 CDSi     36306 -     36427    2.63     36308 -     36427    120
       8 -    6 CDSi     36556 -     36785    5.50     36556 -     36783    228
       8 -    7 CDSi     37034 -     37151    1.60     37035 -     37151    117
       8 -    8 CDSi     37428 -     37536    5.22     37428 -     37535    108
       8 -    9 CDSi     37589 -     37647   -1.23     37591 -     37647     57
       8 -   10 CDSi     37702 -     37817   10.14     37702 -     37815    114
       8 -   11 CDSi     37854 -     37977    3.70     37855 -     37977    123
       8 -   12 CDSi     38030 -     38102    0.08     38030 -     38101     72
       8 -   13 CDSi     38149 -     38202    0.02     38151 -     38201     51
       8 -   14 CDSi     38256 -     38350   12.94     38258 -     38350     93
       8 -   15 CDSi     38396 -     38498    4.92     38396 -     38497    102
       8 -   16 CDSi     38561 -     38655    0.41     38563 -     38655     93
       8 -   17 CDSi     38754 -     38803    7.06     38754 -     38801     48
       8 -   18 CDSi     38858 -     38944    7.71     38859 -     38942     84
       8 -   19 CDSi     39269 -     39385    4.43     39270 -     39383    114
       8 -   20 CDSf     39454 -     39712   14.21     39455 -     39712    258
       8 -      TSS      39798              -14.48
    
       9 +      TSS      39887               -5.18
       9 +    1 CDSf     39928 -     41413   74.34     39928 -     41412   1485
       9 +    2 CDSl     41479 -     41495    1.15     41481 -     41495     15
       9 +      PolA     41789               -4.46
    
      10 -      PolA     42300               -4.26
      10 -    1 CDSl     42305 -     42883   20.27     42305 -     42883    579
      10 -    2 CDSi     43145 -     43262   15.78     43145 -     43261    117
      10 -    3 CDSi     43322 -     43410    8.25     43324 -     43410     87
      10 -    4 CDSi     43463 -     43638   14.65     43463 -     43636    174
      10 -    5 CDSi     43696 -     43809    7.04     43697 -     43807    111
      10 -    6 CDSi     43994 -     44048   -3.87     43995 -     44048     54
      10 -    7 CDSf     44096 -     44179    8.77     44096 -     44179     84
      10 -      TSS      44237              -16.28
    
      11 +      TSS      44300              -15.28
      11 +    1 CDSf     44486 -     44774    5.98     44486 -     44773    288
      11 +    2 CDSi     44833 -     44913    9.70     44835 -     44912     78
      11 +    3 CDSi     44971 -     45111    5.50     44973 -     45110    138
      11 +    4 CDSi     45165 -     45271   -3.62     45167 -     45271    105
      11 +    5 CDSi     45326 -     45536   17.13     45326 -     45535    210
      11 +    6 CDSi     45590 -     45824   13.80     45592 -     45822    231
      11 +    7 CDSi     45877 -     46018   20.07     45878 -     46018    141
      11 +    8 CDSl     46072 -     46386    2.06     46072 -     46386    315
      11 +      PolA     46409               -2.36
    
      12 -      PolA     46430               -1.06
      12 -    1 CDSl     46940 -     47580   48.38     46940 -     47578    639
      12 -    2 CDSf     47789 -     47849    3.31     47790 -     47849     60
      12 -      TSS      47987              -12.88
    
      13 +      TSS      48055              -10.98
      13 +    1 CDSf     48096 -     48376    6.40     48096 -     48374    279
      13 +    2 CDSi     48510 -     48778    5.07     48511 -     48777    267
      13 +    3 CDSi     48836 -     48913    9.93     48838 -     48912     75
      13 +    4 CDSi     48971 -     49102    2.18     48973 -     49101    129
      13 +    5 CDSi     49156 -     49262   -3.80     49158 -     49262    105
      13 +    6 CDSi     49313 -     49523   15.29     49313 -     49522    210
      13 +    7 CDSi     49577 -     49811   13.22     49579 -     49809    231
      13 +    8 CDSi     49864 -     50005   16.33     49865 -     50005    141
      13 +    9 CDSl     50059 -     50373   -0.01     50059 -     50373    315
      13 +      PolA     50733               -1.06
    
      14 -      PolA     50916                0.44
      14 -    1 CDSl     50937 -     51038   -1.30     50937 -     51038    102
      14 -    2 CDSi     51096 -     51152   11.58     51096 -     51152     57
      14 -    3 CDSi     51233 -     51294   -0.10     51233 -     51292     60
      14 -    4 CDSi     51351 -     51426    9.22     51352 -     51426     75
      14 -    5 CDSi     51482 -     51538    4.90     51482 -     51538     57
      14 -    6 CDSi     51602 -     51673    5.97     51602 -     51673     72
      14 -    7 CDSf     53026 -     53160   10.38     53026 -     53160    135
      14 -      TSS      53524               -6.38
    
      15 -      PolA     54005               -4.26
      15 -    1 CDSl     54140 -     54551   21.26     54140 -     54550    411
      15 -    2 CDSi     54614 -     54795   20.05     54616 -     54795    180
      15 -    3 CDSi     55145 -     55243   17.04     55145 -     55243     99
      15 -    4 CDSi     55301 -     55384    7.76     55301 -     55384     84
      15 -    5 CDSi     55469 -     55609    7.70     55469 -     55609    141
      15 -    6 CDSi     55977 -     56346    6.36     55977 -     56345    369
      15 -    7 CDSi     56409 -     56530    7.07     56411 -     56530    120
      15 -    8 CDSi     56584 -     56708   13.46     56584 -     56706    123
      15 -    9 CDSi     56923 -     57004    4.53     56924 -     57004     81
      15 -   10 CDSi     57071 -     57135   10.55     57071 -     57133     63
      15 -   11 CDSi     57224 -     57911   37.00     57225 -     57911    687
      15 -   12 CDSi     58660 -     58779    5.81     58660 -     58779    120
      15 -   13 CDSi     59627 -     59722    3.17     59627 -     59722     96
      15 -   14 CDSi     60471 -     60695   12.90     60471 -     60695    225
      15 -   15 CDSi     60752 -     60949   21.20     60752 -     60949    198
      15 -   16 CDSf     61048 -     61182   -1.88     61048 -     61182    135
      15 -      TSS      61259               -9.08
    
      16 +      TSS      61822              -10.48
      16 +    1 CDSf     61940 -     62227   23.30     61940 -     62227    288
      16 +    2 CDSi     63240 -     63371   10.52     63240 -     63371    132
      16 +    3 CDSi     63431 -     63623   11.72     63431 -     63622    192
      16 +    4 CDSi     63706 -     63773   16.10     63708 -     63773     66
      16 +    5 CDSi     63836 -     63889    1.93     63836 -     63889     54
      16 +    6 CDSi     64207 -     64303    8.23     64207 -     64302     96
      16 +    7 CDSi     64370 -     64443   16.74     64372 -     64443     72
      16 +    8 CDSi     64492 -     64596    2.36     64492 -     64596    105
      16 +    9 CDSl     64650 -     64853    7.73     64650 -     64853    204
      16 +      PolA     64862               -9.16
    
      17 -      PolA     64875                0.44
      17 -    1 CDSl     64890 -     64961   -4.59     64890 -     64961     72
      17 -    2 CDSi     65009 -     65123    7.26     65009 -     65122    114
      17 -    3 CDSi     65176 -     65391   12.91     65178 -     65390    213
      17 -    4 CDSi     65464 -     66047   24.99     65466 -     66047    582
      17 -    5 CDSi     66091 -     66142    4.10     66091 -     66141     51
      17 -    6 CDSi     66199 -     66294    6.48     66201 -     66293     93
      17 -    7 CDSi     66350 -     66456   14.49     66352 -     66456    105
      17 -    8 CDSi     66506 -     66592    1.39     66506 -     66592     87
      17 -    9 CDSi     66650 -     66823   10.69     66650 -     66823    174
      17 -   10 CDSi     66877 -     66942    4.46     66877 -     66942     66
      17 -   11 CDSi     66989 -     67096    5.61     66989 -     67096    108
      17 -   12 CDSf     67276 -     67644   32.70     67276 -     67644    369
      17 -      TSS      68129               -7.98
    
      18 +      TSS      68218              -16.28
      18 +    1 CDSf     68326 -     70424   74.93     68326 -     70422   2097
      18 +    2 CDSi     70478 -     70572   -0.62     70479 -     70571     93
      18 +    3 CDSi     70635 -     70983   15.19     70637 -     70981    345
      18 +    4 CDSi     71019 -     71232    7.90     71020 -     71232    213
      18 +    5 CDSi     71300 -     71464    9.75     71300 -     71464    165
      18 +    6 CDSi     71524 -     71790    7.89     71524 -     71790    267
      18 +    7 CDSi     71848 -     72045    7.19     71848 -     72045    198
      18 +    8 CDSi     72095 -     72343   20.49     72095 -     72343    249
      18 +    9 CDSi     72397 -     73599   40.55     72397 -     73599   1203
      18 +   10 CDSi     73661 -     73717    9.56     73661 -     73717     57
      18 +   11 CDSi     73968 -     74399   24.64     73968 -     74399    432
      18 +   12 CDSi     74459 -     74682   -3.82     74459 -     74680    222
      18 +   13 CDSi     74738 -     74871    6.96     74739 -     74870    132
      18 +   14 CDSi     74959 -     75156   20.41     74961 -     75155    195
      18 +   15 CDSi     75547 -     75661   10.84     75549 -     75659    111
      18 +   16 CDSi     77177 -     77345   -0.22     77178 -     77345    168
      18 +   17 CDSi     78239 -     79060   32.71     78239 -     79060    822
      18 +   18 CDSl     79423 -     79905   35.82     79423 -     79905    483
      18 +      PolA     80724               -1.06
    
      19 -      PolA     81492                0.44
      19 -    1 CDSo     81871 -     84618  205.58     81871 -     84618   2748
      19 -      TSS      84625              -12.68
    
      20 +      TSS      85161              -14.18
      20 +    1 CDSf     85243 -     85299    4.23     85243 -     85299     57
      20 +    2 CDSi     85552 -     85626    2.64     85552 -     85626     75
      20 +    3 CDSi     85687 -     85854   16.90     85687 -     85854    168
      20 +    4 CDSi     85946 -     86319    6.79     85946 -     86317    372
      20 +    5 CDSi     86634 -     86833   10.05     86635 -     86832    198
      20 +    6 CDSi     86883 -     87027    0.85     86885 -     87025    141
      20 +    7 CDSi     87097 -     87209    8.06     87098 -     87208    111
      20 +    8 CDSi     87264 -     87601    8.22     87266 -     87601    336
      20 +    9 CDSi     87650 -     87777    6.18     87650 -     87775    126
      20 +   10 CDSi     87830 -     87974    5.41     87831 -     87974    144
      20 +   11 CDSi     88025 -     88214    0.18     88025 -     88213    189
      20 +   12 CDSi     88615 -     88909    6.18     88617 -     88907    291
      20 +   13 CDSi     88956 -     90074   59.60     88957 -     90072   1116
      20 +   14 CDSi     90124 -     93364  170.63     90125 -     93364   3240
      20 +   15 CDSi     93415 -     93978   20.43     93415 -     93978    564
      20 +   16 CDSi     94031 -     94654   28.49     94031 -     94654    624
      20 +   17 CDSi     94692 -     95089   12.66     94692 -     95087    396
      20 +   18 CDSi     95637 -     95740   16.58     95638 -     95739    102
      20 +   19 CDSi     95796 -     95896    8.42     95798 -     95896     99
      20 +   20 CDSi     95952 -     96160   14.03     95952 -     96158    207
      20 +   21 CDSl     96223 -     96637    5.98     96224 -     96637    414
      20 +      PolA     96648               -7.56
    
      21 -      PolA     96717               -4.66
      21 -    1 CDSl     96735 -     96968    4.00     96735 -     96968    234
      21 -    2 CDSi     97032 -     97283   12.36     97032 -     97283    252
      21 -    3 CDSi     97589 -     97798    6.84     97589 -     97798    210
      21 -    4 CDSi     97851 -     97910    6.04     97851 -     97910     60
      21 -    5 CDSi     97966 -     98060   14.83     97966 -     98058     93
      21 -    6 CDSf     98125 -     98215    2.14     98126 -     98215     90
      21 -      TSS      98264               -8.28
    
      22 +      TSS      98430              -12.88
      22 +    1 CDSf     98655 -     99065   28.88     98655 -     99065    411
      22 +    2 CDSi     99113 -     99229    8.12     99113 -     99229    117
      22 +    3 CDSi     99290 -     99468    5.08     99290 -     99466    177
      22 +    4 CDSi     99518 -     99611    2.82     99519 -     99611     93
      22 +    5 CDSi     99663 -     99740    3.40     99663 -     99740     78
      22 +    6 CDSi     99788 -     99889    6.10     99788 -     99889    102
      22 +    7 CDSi    100203 -    100298    0.24    100203 -    100298     96
      22 +    8 CDSi    100844 -    100887    0.02    100844 -    100885     42
      22 +    9 CDSi    101128 -    101381    7.95    101129 -    101380    252
      22 +   10 CDSl    101694 -    102034    1.01    101696 -    102034    339
      22 +      PolA    102653                0.44
    
      23 -      PolA    102790               -1.06
      23 -    1 CDSl    102844 -    103205   17.00    102844 -    103203    360
      23 -    2 CDSi    103644 -    103752   -3.96    103645 -    103752    108
      23 -    3 CDSf    103850 -    104041    2.27    103850 -    104041    192
      23 -      TSS     105009               -5.48
    
      24 -      PolA    106986                0.44
      24 -    1 CDSo    107043 -    108065   68.98    107043 -    108065   1023
      24 -      TSS     108238               -6.38
    
      25 -      PolA    108565               -1.06
      25 -    1 CDSo    109579 -    109887   38.21    109579 -    109887    309
      25 -      TSS     110660               -4.28
    
      26 +      TSS     111222               -7.48
      26 +    1 CDSo    111659 -    113170   78.19    111659 -    113170   1512
      26 +      PolA    113465               -1.06
    
      27 -      PolA    114119               -1.06
      27 -    1 CDSo    114232 -    116487  121.98    114232 -    116487   2256
      27 -      TSS     116574              -10.08
    
      28 +      TSS     116821              -10.58
      28 +    1 CDSo    116946 -    118493   67.04    116946 -    118493   1548
      28 +      PolA    118565               -4.26
    
      29 +      TSS     119093               -7.08
      29 +    1 CDSf    119628 -    120092   21.66    119628 -    120092    465
      29 +    2 CDSi    120265 -    120586   10.93    120265 -    120585    321
      29 +    3 CDSi    120652 -    120781    4.55    120654 -    120779    126
      29 +    4 CDSi    120830 -    120997    8.21    120831 -    120995    165
      29 +    5 CDSl    121051 -    121171   -9.86    121052 -    121171    120
      29 +      PolA    121215               -2.56
    
      30 -      PolA    121289                0.44
      30 -    1 CDSl    121698 -    122042   25.54    121698 -    122042    345
      30 -    2 CDSi    122093 -    122121   -1.95    122093 -    122119     27
      30 -    3 CDSf    122694 -    122856   11.60    122695 -    122856    162
      30 -      TSS     123515               -8.98
    
      31 +      TSS     123605              -12.48
      31 +    1 CDSo    123650 -    124087   21.23    123650 -    124087    438
      31 +      PolA    124710                0.4

     



    © 1999 - 2008 www.softberry.com

    Was this page helpful?
    Tag page (Edit tags)
    • No tags
    You must login to post a comment.