Was this page helpful?

Sequence Repeats

    Table of contents
    No headers

    Etandem

    ########################################
    # Program: etandem
    # Rundate: Sun Nov 23 19:51:06 2008
    # Report_format: table
    # Report_file: outfile
    ########################################
    
    #=======================================
    #
    # Sequence:      from: 1   to: 96116
    # HitCount: 1
    #
    # Threshold: 20
    # Minrepeat: 10
    # Maxrepeat: 10
    # Mismatch: No
    # Uniform: No
    #
    #=======================================
    
      Start     End   Score   Size  Count Identity Consensus
      92588   92627      20     10      4     87.5 cgaaagtcaa
    
    #---------------------------------------
    #---------------------------------------

    Repeat Masker

      SW   perc perc perc  query            position in query     matching  repeat           position in repeat
    score   div. del. ins.  sequence         begin end    (left)   repeat    class/family   begin  end    (left)  ID

      201   33.9  0.0  0.0  UnnamedSequence   1183  1247 (94869) + (TCTCTG)n Simple_repeat       2     66    (0)   1 
      183    4.2  0.0  0.0  UnnamedSequence   1421  1444 (94672) + (CAAAAA)n Simple_repeat       4     27    (0)   2 
      198    0.0  0.0  0.0  UnnamedSequence   4948  4969 (91147) + (CAG)n    Simple_repeat       1     22    (0)   3 
      189    0.0  0.0  0.0  UnnamedSequence  20951 20971 (75145) + (CAG)n    Simple_repeat       1     21    (0)   4 
      282    5.6  0.0  0.0  UnnamedSequence  22715 22750 (73366) + (CAG)n    Simple_repeat       1     36    (0)   5 
      180   17.6  0.0  0.0  UnnamedSequence  32732 32765 (63351) + A-rich    Low_complexity      1     34    (0)   6 
      201   11.6  4.5  2.2  UnnamedSequence  37043 37086 (59030) + GA-rich   Low_complexity      3     47    (0)   7 
       34   79.2  0.0  0.0  UnnamedSequence  43080 43127 (52989) + AT_rich   Low_complexity      1     48    (0)   8 
       28   85.7  0.0  0.0  UnnamedSequence  57579 57613 (38503) + AT_rich   Low_complexity      1     35    (0)   9 
       33   57.6  0.0  0.0  UnnamedSequence  57871 57903 (38213) + AT_rich   Low_complexity      1     33    (0)  10 
      239   28.0  0.0  0.0  UnnamedSequence  66441 66490 (29626) + (TCG)n    Simple_repeat       3     52    (0)  11 
      291   22.1  0.0  0.0  UnnamedSequence  66505 66590 (29526) + CT-rich   Low_complexity     95    180    (0)  12 
      208   31.1  1.9  0.0  UnnamedSequence  87732 87834  (8282) + (TCTCTG)n Simple_repeat       3    107    (0)  13 
       31   71.1  0.0  0.0  UnnamedSequence  92773 92817  (3299) + AT_rich   Low_complexity      1     45    (0)  14 

    Was this page helpful?
    Tag page (Edit tags)
    • No tags
    You must login to post a comment.